高新技術企業的認定機構是以網報和書面材料這兩個部分進行劃分的。網報部分（高新技術企業認定管理工作網）：科技部、財政部、稅務總局 。書面材料部分：各省、自治區、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門及本級財政、稅務部門。即科委（科技廳）、財政局、地稅局和財務局。

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