認定機構由各省、自治區、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門組成。它的主要職責是：負責本行政區域內的高新技術企業認定（復審）工作；接受企業或主管稅務機關提出的高新技術企業資格復核申請，并進行復核；負責對已認定的高新技術企業進行監督檢查，受理、核實并處理有關舉報；選擇參與高新技術企業認定工作的專家；通過會商制度及時解決高新技術企業認定及稅收政策落實中出現的有關問題。